Pemberontakan kedua – Intifadha Al-Aqsa – berlaku pada 2000, selepas Perdana Menteri Zionis Ariel Sharon menyerang Masjid al-Aqsa. Selepas itu, Pergerakan Islam pada tahun 1948 yang menduduki tanah-tanah di bawah kepimpinan Sheikh Raed Salah, mula berfikir tentang keperluan untuk melindungi Masjid al-Aqsa untuk memudahkan kedatangan para jemaah sepanjang masa dan menentang kawalan autokrat oleh pasukan pendudukan Israel.
Kemudian mereka telah melancarkan apa yang dikenali sebagai “Perarakan Bendera (Biarik) مسيرة البيارق” dan “Konvoi Perjalanan قوافل شد الرحال”, untuk membawa jemaah setiap hari dengan bas dari Galilee, Segitiga (al-Muthallath), Negev dan kawasan pantai berhampiran Masjid al-Aqsa yang mempunyai pengaruh langsung dan positif terhadap pemulihan Masjid al-Aqsa dan pembangunan ekonomi kehidupan Kota Lama al-Quds (Baitulmaqdis). Fasa kedua Ribat di al-Aqsa adalah penubuhan “Peringkat-peringkat Ilmu” (Masatib al-Ilm) dan lingkaran pelajar (halaqat).
Oleh itu, pada tahun 2008, Pergerakan Islam di tanah pendudukan 1948 menaja penubuhan 36 lingkaran pelajar (halaqat) di dalam masjid, mengajar pengajian Islam seperti; Kajian al-Quran, fiqh, sunnah dan biografi Nabi (saw) melalui kursus metodologikal saintifik yang memenuhi keperluan para pelajar semua peringkat umur. Secara beransur-ansur, halaqat ini telah meningkat sehingga bilangan anggota mereka mencapai 1200 orang pada tahun 2011. Kemudian, mereka membentuk halaqat kekal dan menunjukkan minat yang tinggi untuk menghadirinya untuk belajar dan melaksanakan ribat di dalam masjid. Selain itu, mereka mempertahankan masjid, menghadapi penyerang dan cuba mengusir mereka.
2015, adalah tahun Israel mengisytiharkan perang menentang Murabiteen dan Murabitat. Pada 23 Ogos 2015, ‘Perisikan Israel’ mengeluarkan senarai kira-kira 20 wanita (Murabitat) dari Jerusalem/Baitulmaqdis. Senarai berkenaan, yang mengharamkan wanita-wanita tersebut dari hak mereka untuk memasuki Masjid al-Aqsa dan menunaikan solat di sana. Senarai itu kemudiannya terus meningkat dan turut memasukkan 55 lagi nama-nama yang dikenali di kalangan aktivis sebagai “Senarai Emas”. Pada bulan yang sama, Menteri Peperangan Zionis, Moshe Ya’alon, mengeluarkan keputusan untuk mengisytiharkan Murabiteen dan Murabitat sebagai organisasi haram berdasarkan cadangan ‘polis Israel’ dan ‘Perkhidmatan Keselamatan Am’.
“Mengambil kira mereka sebagai faktor utama dalam mewujudkan ketegangan dan keganasan … dan menjejaskan kedaulatan Israel ke atas Masjid al-Aqsa!”
Ini mencerminkan keangkuhan kuasa pendudukan Israel yang memaksakan status quo itu walaupun ianya bertentangan dengan logik. Menurut keputusan itu, kehadiran jemaah Muslim yang beribadat di masjid tersebut adalah satu faktor yang menyebabkan ketegangan dan keganasan, sementara tentera dan pelampau yang menyerang Masjid al-Aqsa itu tidak!
Walaupun pendudukan Zionis melarang dan mengisytiharkan ribat sebagai suatu jenayah, Murabiteen dan Murabitat tidak pernah sesekali pun menghentikan ribat mereka, malah mereka hadir berterusan di pintu-pintu gerbang al-Aqsa. Pada bulan Julai 2017, mereka memainkan peranan penting dalam pemberontakan ‘Bab al-Asbat’.
Mereka mengetuai dan membimbing para penunjuk perasaan semasa duduk di pintu gerbang al-Aqsa. Jadi, konsep ribat berkembang sehingga beribu-ribu orang dari al-Quds dan daerah-daerah pendudukan tahun 1948 turut menyertai mereka.
Ribat telah memulihkan keadaan di al-Aqsa seperti dahulu, dan mereka mencapai kemenangan dengan memasuki al-Aqsa bersama-sama dengan semua umat Islam tanpa melewati pengesan logam di pintu gerbang al-Aqsa walaupun kuasa pendudukan tersebut mahu menguatkuasakan penggunaannya sebagai amalan baru kawalannya ke atas Masjid al-Aqsa.