منذ أيامه الأولى، والمسجد الأقصى يحتضن حركة علمية نشطة تمثلت في تعليم القرآن الكريم والحديث والفقه الإسلامي، غير أن هذا النشاط أخذ بعدا أكثر تنظيما بظهور مصطلح المدرسة كمؤسسة تعليمية تضمن الاستمرارية، وقد كثرت الروايات التي أشارت إلى انتشار المدارس في رحاب الأقصى، مما يدلل على مكانته ودوره في نشر العلوم الإسلامية وصيانتها. ويرتبط انتشار المدارس في الأقصى بالفترة الأيوبية، وقد ازدهر خلال الفترة المملوكية، كما حافظت الحركة العلمية على نشاطها خلال فترة الحكم العثماني.