Madrasah merupakan salah satu unsur penting gerakan perkembangan intelektual masyarakat. Gerakan ini menyebar ke berbagai negeri hingga ke dalam Masjid al-Aqsha. Pembangunan tempat pendidikan ini telah dimulai pada masa pemerintahan Ayyubiyah dan mulai berkembang pada masa Mameluk dan Utsmaniyah. Ada 12 tempat pendidikan di lingkungan Masjid al-Aqsha, sebagian masih berfungsi sebagai madrasah dan sebagian lagi sudah beralih fungsi. Berikut nama-nama madrasah tersebut:
- Madrasah wa Riyadhu al-Aqsha al-Islamiyah
Madrasah ini berada di ruwak syamali (lorong utara) Masjid al-Aqsha, tepatnya antara pintu Hittah dan Al-Atam. Sebagian besar bangunan sekolah adalah bagian dari madrasah Ad-Duwadariyah, yaitu madrasah yang dibangun oleh Al-Amir ‘Alamuddin Sanjar Ad-Duwadar pada tahun 695 H./1295 M. Madrasah ini kemudian berubah nama menjadi Madaris wa Riyadhu Al-Aqsha Al-Islamiyah pada tahun 1980-an.
- Madrasah Tsanawiyah al-Aqsha asy-Syar’iyah
Madrasah ini berada di dalam ruwak syamali (lorong utara) Masjid al-Aqsha, tepatnya antara pintu Al-Asbat dan menara pintu Al-Asbat. Ketika pertama kali didirikan pada tahun 1980an, madrasah ini dikhususkan untuk tingkat tsanawiyah (sederajat dengan SLTA), tapi kini sudah dibuka untuk tingkat yang sederajat dengan SLTP dan SLTA bagi pelajar syariah. Madrasah ini khusus laki-laki.
- Madrasah al-Ghadiriyah
Berada diantara pintu Al-Asbat dan pintu Hittah. Dibangun oleh Misr Khatun, istri dari Al-Amir Nashiruddin Muhammad bin Dulghadir. Beliaulah yang mewakafkan dan nama madrasah ini dinisbatkan kepadanya. Pembagnuan dilakukan pada tahun 836 H./1433 M. pada masa pemerintahan Mameluk Al-Asyraf Barsbay.
Sisi depan madrasah terkesan unik karena pintu masuknya terdiri dari tumpukan batu-batuan berwarna merah dan putih. Urusan Wakaf Islam berusaha untuk merenovasinya tapi belum sempurna karena terhalang oleh penjajah zionis.
- Madrasah al-Basithiyah
Madrasah ini berada di atas Madaris wa Riyadhu Al-Aqsha Al-Islamiyah, yang berada di dalam ruwak syamali (lorong utara) Masjid al-Aqsha, antara pintu Hittah dan Al-Atam. Rencana pembangunannya oleh Syaikh Syamsuddin Muhammad al-Harawy pada masa pemerintahan Mameluk, tapi kematian telah menjemputnya sebelum pembangunan berjalan. Kemudian niat pembangunan ini dilanjutkan oleh Al-Qadhi Zainuddin Abdul Basith bin Khalil ad-Dimasyqi pada tahun 835 H./1431 M. dan langsung diwakafkan atas namanya.
Madrasah ini terkenal hingga penjuru dunia Islam karena telah meluluskan para alumni yang menjadi ulama di berbagai negeri. Para penghapal al-Qur’an, perawi hadits, dokter, astronom, pakar matematika dan lain-lain keluar dari madrasah ini. Kini, bangunan madrasah terbagi menjadi dua: pertama, dihuni oleh sekelompok keluarga Jarullah dan kedua, difungsikan sebagai kantor madrasah al-Bakriyah yang berada di luar Masjid al-Aqsha. Madrasah al-Bakriyah adalah sekolah untuk penyandang cacat.
- Madrasah al-Aminiyah
Berada di pintu Al-Atam di ruwak syamali (lorong utara) Masjid al-Aqsha. Dibangun dan diwakafkan oleh Aminuddin Abdullah pada tahun 730 H./1329 M. dan nama madrasah tersebut dinisbatkan kepadanya. Terdapat pintu dan beberapa ruangan di atas lorong utara Masjid al-Aqsha.
Bangunan terdiri dari empat lantai dan berada di sebelah timur madrasah Al-Farisiyah. Bangunan ini juga dikenal dengan rumah imam karena imam masjid tinggal di bangunan ini.
- Madrasah Al-Farisiyah
Madrasah ini dinisbatkan namanya kepada pewakafnya Al-Amir Farisi Al-Biki bin Amir Qathlu Malik bin Abdullah. Diwakafkan pada tahun 755 H./1353 M.
Madrasah ini dan madrasah sebelumnya (Al-Aminiyah) adalah satu pintu masuk di tingkat atas.
- Madrasah Al-Malakiyah
Madrasah Al-Malakiyah berada diantara madrasah Al-Farisiyah dan madrasah Al-As’ardiyah. Pintu masuknya satu antara dua madrasah tersebut. Terdiri dari dua lantai, oleh keluarga Al-Khatib ditambah ruang kecil di lantai paling atas untuk tempat tinggal.
Material bangunan ini dapat dicirikan adalah bangunan pada masa pemerintahan Mameluk kerana batu-batuannya terdiri dari warna merah dan putih. Didirikan pada tahun 741 H./1340 M. pada masa pemerintahan Al-Malik An-Nashir Muhamamd Qalawun. Saat ini ditempati untuk rumah tinggal.
- Madrasah al-As’ardiyah
Ini adalah madrasah terakhir di ruwak syamali (lorong utara) Masjid al-Aqsha. Berada setelah madrasah al-Malakiyah dari arah timur. Posisinya lebih dekat dari arah barat Masjid al-Aqsha. Bangunan ini diwakafkan oleh Majduddin Al-As’ardi pada tahun 770 H./1368 M. Beliau adalah seorang saudagar kaya raya dan madrasah ini dikenal dengan namanya.
Bangunan madrasah ini sangat luas, terdiri dari dua lantai. Di tengah-tengahnya terdapat pelataran terbuka dengan bentuk persegi empat. Di sekeliling pelataran terdapat ruang-ruang kecil tertutup. Di atap bangunan terdapat tiga kubah yang menjadi ciri khas tersendiri. Di lantai dua terdapat masjid yang luas dengan mihrabnya terlihat jelas dari arah halaman Masjid al-Aqsha.
Ketika penjajah Inggris berkuasa di Palestina, Dewan Tinggi Islam merenovasi bangunan ini dan mengalihfungsikan dari madrasah ke perpustakaan Masjid al-Aqsha. Kini, bangunan tersebut berubah menjadi rumah penduduk keluarga Al-Baithar.
- Madrasah al-Manjakiyah
Madrasah ini terletak di atas pintu An-Nazir, di ruwak gharbi (lorong barat) Masjid al-Aqsha. Di atas madrasah ini terdapat kubah yang dibangun oleh Al-Amir Saifuddin Manjak An-Nashiri pada tahun 763 H./1361 M. Madrasah ini terdiri dari dua lantai.
Ketika tentara Inggris menjajah Palestina, madrasah ini digunakan untuk kantor Dewan Tinggi Islam. Saat ini, madrasah beralih fungsi sebagai kantor Wakaf Islam di Al-Quds.
- Madrasah Al-Utsmaniyah
Berada di atas ruwak gharbi (lorong barat) Masjid al-Aqsha, sebelah selatan pintu Al-Mitharah. Bangunan atasnya hingga mencapai pintu tersebut. Bangunan memanjang hingga madrasah Al-Asyrafiyah. Diwakafkan oleh Ashfahan Syah Khatun binti Mahmud Al-Utsmaniyah pada tahun 840 H./1437 M. pada masa Sultan Al-Asyraf Barsbay.
Madrasah Al-Utsmaniyah terdiri dari dua lantai. Sebagian bangunannya berada di luar Masjid al-Aqsha. Madrasah ini juga mempunyai masjid yang berada sejajar dengan halaman Masjid al-Aqsha tapi telah dikuasai yahudi dan jendelanya ditutup dengan batu. Kini, madrasah tersebut difungsikan sebagai rumah penduduk keluarga muslim.
- Madrasah Al-Asyrafiyah
Berada di sisi selatan Masjid al-Aqsha, tepatnya antara madrasah Al-Utsmaniyah di utara dan menara pintu As-Silsilah di selatan. Madrasah ini juga dikenal dengan nama As-Sulthaniyah. Dibangun oleh Al-Amir Hasan Az-Zahiri pada tahun 875 H./1470 M. tetapi kondisi bangunan tidak memuaskan Sultan Asyraf Qaitbay ketika beliau mengunjungi al-Quds. Beliau memerintahkan untuk dihancurkan dan dibangun kembali pada tahun 885 H./1480 M.
Madrasah terbagi menjadi dua: satu bagian berada di kawasan Masjid al-Aqsha dan bagian lainnya berada di luar. Bagian yang berada di dalam masjid terdiri dari dua lantai. Lantai pertama, dulunya difungsikan sebagai mushalla pengikut mazhab Hambali di Masjid al-Aqsha tapi kini sebagian dipakai untuk kantor penyimpanan manuskrip, cabang dari perpustakaan Masjid al-Aqsha. Dan sebagian lagi difungsikan untuk kantor madrasah tsanawiyah al-Aqsha khusus perempuan. Di dalam bangunan ini juga terdapat kuburan Syaikh Al-Khalili dan beberapa ruangan dipakai untuk rumah penduduk.
Adapun lantai dua tidak beratapkan sebagaimana layaknya bangunan karena pengaruh dari gempa pada tahun 1927 M. yang mengakibatkan atap runtuh. Bangunan ini mempunyai keindahan dari sisi material bangunan. Batu-batu yang dipakai terdiri dari batu berwarna merah dan putih sehingga menampilkan corak yang indah. Terlebih dihiasi dengan dekorasi di pintu masuknya. Bahkan seorang sejarawan bernama Mujiruddin al-Hambali menjadikannya sebagai “Permata Ketiga Masjid al-Aqsha” setelah kubah ash-Shakhrah dan Masjid Al-Qibli.
- Madrasah At-Tankaziyah
Berada di antara pintu As-Silsilah di utara dan dinding al-Buraq di selatan. Sebagian dari bangunan ini masuk ke ruwak gharbi (lorong barat) Masjid al-Aqsha dan sebagian lainnya berada di luar. Didirikan oleh wakil gubernur Syam Al-Amir Saifuddin Tankiz An-Nashiri pada masa pemerintahan Mameluk tahun 729 H./1328 M. Oleh karenanya, nama madrasah ini dinisbatkan kepadanya.
Pada masanya, madrasah ini merupakan tempat berkumpulnya para pelajar hadits. Ketika Sultan Qaitbay berkuasa, bangunan ini dijadikan sebagai tempat pengadilan hukum. Ketika masa Utsmani, bangunan ini beralih fungsi sebagai mahkamah syar’iyah (pengadilan Islam) hingga penjajah Inggris datang. Oleh Dewan Tinggi Islam bangunan ini dijadikan sebagai rumah penduduk. Kemudian diubah lagi menjadi madrasah yang mengajarkan fiqh islam.
Pada tahun 1969 M, penjajah zionis menyita bangunan dan menjadikannya sebagai pos militer perbatasan. Karena posisinya berada di dekat dinding al-Buraq (kini dijadikan tempat ibadah orang yahudi), maka mereka mengambil alih bangunan sekaligus guna mengamati pergerakan kaum muslimin di Masjid al-Aqsha.
Di bawah madrasah ini terdapat terowongan bawah tanah yang dibangun zionis. Terowongan bawah tanah ini dinamakan Hasymunaim, yang dibuka secara resmi pada tahun 1996 M. Permulaan terowongan dari arah dinding al-Buraq menuju arah utara pada sisi barat pagar masjid, tepatnya di madrasah al-Umariyah. Dari sini terowongan dibagi ke berbagai cabang.
Tahun 2006, Presiden Israel Moshe Katsav membuka secara resmi sinagog di salah satu terowongan di bawah madrasah At-Tankaziyah, yang berhimpitan langsung dengan dinding al-Buraq.
