Semenjak awal kewujudannya, Masjid al-Aqsa sangat aktif dengan segala bentuk gerakan keilmuan seperti pengajian al-Quran, Hadis dan Fiqh Islam. Demi memastikan kesinambungannya, maka wujudnya bangunan madrasah iaitu sekolah yang merupakan lambang kepada institusi keilmuan. Pelbagai peringkat yang telah menunjukkan kepada pertumbuhan dan perkembangan sekolah-sekolah di sini. Ini menunjukkan bahawa status Masjid al-Aqsa dan kedudukannya sangat memberikan signifikan dalam penyebaran dan pemeliharaan ilmu-ilmu agama Islam.
Pusat-pusat pengajian di al-Aqsa banyak dibina semasa zaman pemerintahan al-Ayyubi dan semakin berkembang ketika era pemerintahan Mamluk. Manakala pada zaman Uthmaniyyah pula, mereka memastikan dan memelihara program-program ilmiah ini terus berjalan.
Sehingga kini, ia masih berfungsi sebagai tempat penyebaran ilmu di kawasan al-Aqsa. Ini menunjukkan bahawa Islam sangat mengambil berat terhadap al-Aqsa dan memahami peranan dan kedudukannya sebagai tempat keilmuan. Sebahagian besar daripada sekolah-sekolah ini masih berfungsi sebagai institusi pendidikan, manakala sebahagian yang lain telah dijadikan sebagai pejabat-pejabat atau kegunaan masjid.
Madrasah Riyadh al-Aqsa al-Islamiyyah
Pusat pengajian ini terletak di ruwaq (lorong) utara, iaitu di antara Pintu Gerbang Hittah dan Pintu Gerbang al-‘Atam. Gabenor Ilmuddin Sanjir Addawadar telah mewakafkannya pada tahun 695 H bersamaan 1295 M dan nama sekolah ini dinamakan bersempena dengan nama beliau sebelum ditukarkan kepada nama, Sekolah Islam Riyadh al-Aqsa pada tahun 1980-an bersamaan kurun ke-20.
Thanawiyah al-Aqsa as-Syar’iyyah
Terletak di ruwaq (lorong) utara Masjid al-Aqsa iaitu di Pintu Gerbang Asbat dan Menara Azan Pintu Gerbang Asbat. Dinamakan dengan nama tersebut kerana sekolah ini dibina sekitar tahun awal 1980-an sebagai Sekolah Menengah Agama. Kini, sekolah ini berperanan sebagai sekolah rendah dan menengah yang menerapkan pembelajaran ilmu-ilmu Syariah.
Al-Madrasah al-Ghadiriyyah
Terletak di utara al-Aqsa iaitu di antara Pintu Gerbang Asbat dan Pintu Gerbang Hittah. Diasasaskan oleh Gabenor Nasiruddin bin Dalghar pada zaman Sultan Mamluk Barsbay, iaitu pada tahun 836 H bersamaan 1432 M. Kemudiannya, diubahsuai oleh pengurusan Jabatan Wakaf Islam. Walau bagaimanapun, pihak penjajah Israel telah menghalang daripada meletakkan bumbung sehingga ke hari ini.
Al-Madrasah al-Basitiyyah
Sekolah ini terletak di bahagian atas Sekolah Islam Riyadh al-Aqsa (seperti yang dinyatakan sebelum ini) iaitu di utara al-Aqsa. Diwakafkan oleh al-Qadhi Zainuddin Abdul Basit bin Khalil ad-Dimasyq pada tahun 835 H bersamaan 1431 M. Kini, sekolah tersebut berfungsi sebagai pejabat sekolah al-Bakriyah yang berada di luar kawasan al-Aqsa. Dahulunya, sangat dikenali di seluruh dunia Islam dengan kegiatan ilmu sehingga mampu melahirkan ramai ilmuan dalam pelbagai bidang, termasuklah, para penghafal al-Quran, periwayat Hadis, para doktor, pengkaji ilmu astronomi dan matematik.
Al-Madrasah al-Aminiyyah
Sekolah ini terletak di ruwaq (lorong) utara Masjid al-Aqsa, iaitu di atas Pintu Gerbang al-‘Atam. Ia dibina dan diwakafkan oleh Aminuddin bin Abdullah pada tahun 730 H bersamaan 1329 M. Sekolah ini dikenali dengan nama beliau dan proses pembaikannya dilakukan pada zaman Uthmaniyyah. Terdiri daripada empat buah tingkat dan mempunyai pintu serta bilik-bilik yang terletak di atas ruwaq (lorong) utara Masjid al-Aqsa . Sekolah ini pernah dikenali dengan Dar Imam (Rumah Imam) kerana terdapat seorang Syeikh Imam yang pernah mendiaminya suatu ketika dahulu.
Al-Madrasah al-Farisiyyah
Namanya diambil berikutan dengan nama Gabenor Faris al-Bakki yang telah mewakafkannya pada tahun 755 H bersamaan 1353 M. Bangunannya bersambung dengan sekolah al-Aminiyah. Ruwaq (lorong) sekolah ini terletak di atas ruwaq (lorong) utara Masjid al-Aqsa. Manakala kedudukan ruang utamanya adalah menghadap ke arah Masjid al-Aqsa. Ia boleh dimasuki dengan menaiki tangga yang bersambung di dalam Masjid al-Aqsa. Di bahagian pintu masuknya telah dihiasi dengan lengkungan atap yang bersilang dan terdapat dua masthabah berbatu di sisinya. Sekolah ini juga mempunyai ruang terbuka berbentuk segi empat dan sebuah tangga yang menghubungkan ke tingkat satu sekolah al-Aminiyah yang berada bersebelahan dengannya. Kini, sekolah ini digunakan sebagai tempat kediaman.
Al-Madrasah al-Malakiyyah
Sekolah ini dibina pada tahun 741 H bersamaan 1340 M, iaitu pada zaman kesultanan Mamluk, an-Nasir Muhammad Qalawun di bahagian ruwaq (lorong) utara. Terdiri daripada dua buah tingkat dan kedua-duanya mempunyai pintu masuk yang cantik yang mana binaannya berkonsepkan seni bina kerajaan Mamluk. Selain itu, dihiasi juga dengan batuan putih dan merah. Kini, tempat tersebut telah dijadikan sebagai kawasan kediaman.
Al-Madrasah al-As’ardiyyah
Sekolah ini telah diwakafkan oleh Majduddin al-As’ardi pada tahun 770 H bersamaan 1368 M dan dinamakan sekolah ini bersempena dengan nama beliau. Untuk masuk ke sini, perlulah menaiki tangga yang terdapat di dalam Masjid al-Aqsa al-Mubarak yang mana pintu masuknya terletak di ruwaq (lorong) sebelah utara. Bangunannya mempunyai dua buah tingkat dan di tengah-tengahnya terdapat ruangan terbuka di mana dikelilingi dengan bilik-bilik dan khalawi (bilik yang digunakan para sufi untuk beruzlah). Di bahagian bumbung sekolah ini, terdapat tiga buah kubah; iaitu di bahagian tengah bangunan, timur dan barat. Di dalamnya juga terdapat masjid yang cantik yang menghadap ke arah Masjid al-Aqsa. Kini, dijadikannya sebagai tempat kediaman.
Al-Madrasah al-Manjakiyyah
Terletak di tembok barat Masjid al-Aqsa dan berada di sebelah utara dari Pintu Gerbang an-Nazir. Gabenor Saifuddin Manjak telah membinanya pada tahun 763 H bersamaan 1361 M. Terdiri daripada bangunan dua buah tingkat yang dilengkapi dengan bilik dan ruwaq (lorong) yang banyak. Proses pembelajaran telah berjalan seperti biasa sehinggalah ke zaman pemerintahan Uthmaniyyah, di mana mereka menukarkannya kepada tempat kediaman pada awal kurun ke-20. Kemudian, dijadikannya pula sebagai tempat berehat bagi para pengunjung Kota al-Quds. Sepanjang tempoh penjajahan Inggeris (1918M-1948M), sekolah ini berfungsi sebagai sekolah rendah sehinggalah Majlis Tertinggi Islam memutuskan untuk membaikpulih binaannya dan menjadikannya sebagai pusat pentadbiran. Kini, dijadikannya sebagai ibu pejabat Wakaf Islam di al-Quds.
Al-Madrasah al-Uthmaniyyah
Sekolah ini terletak di tembok barat Masjid al-Aqsa iaitu di selatan Pintu Gerbang Mathharah. Bangunan sekolah ini bersambung dengan Sekolah al-Ashrafiyyah di bahagian selatan. Asfahan Shah Khatun binti Mahmud al-Uthmaniyyah telah mewakafkannya pada tahun 840 H bersamaan 1437 M iaitu pada zaman Sultan al-Mamluki al-Asyraf Barsbay. Ruangan solat yang terdapat di sini kedudukannya sejajar dengan dataran al-Aqsa. Ketika penawanan Zionis Yahudi, mereka telah menutup tingkap-tingkap sekolah ini dengan batu-bata. Sekarang, dijadikannya sebagai tempat tinggal bagi keluarga Muslim.
Al-Madrasah al-Ashrafiyah
Dikenali juga dengan nama Sekolah as-Sultaniyah. Terletak di barat al-Aqsa dan dibina oleh al-Amir Hasan az-Zhohiri pada tahun 875 H bersamaan 1470 M. Walau bagaimanapun, binaannya tidak memuaskan hati Sultan Qoitibai apabila Baginda melihatnya sendiri ketika menziarahi al-Quds. Binaan sekolah ini kemudiannya diruntuhkan dan dibina semula pada tahun 885 H bersamaan 1480 M. Sebahagian daripada sekolah ini terletak di dalam kawasan Masjid al-Aqsa, manakala sebahagian lagi di luar sempadan kawasannya. Ia terdiri daripada dua buah tingkat. Namun, sebahagian besar ruang di tingkat atas sudah hampir musnah. Selain itu, terdapat juga pintu masuk yang cantik yang dibina dengan batu-bata berwarna merah dan putih. Di dalamnya pula terdapat masjid yang pernah digunakan oleh pengikut Mazhab Hanbali pada suatu masa dahulu serta terdapat juga dua buah makam yang dipercayai salah satunya adalah makam Syeikh al-Khalili. Sebahagian besar kawasan sekolah ini telah dijadikan sebagai sekolah menengah bagi pelajar perempuan. Manakala, sebahagian yang lain pula digunakan sebagai tempat simpanan manuskrip lama Masjid al-Aqsa serta ada sebahagian lagi yang dijadikan sebagai tempat tinggal.
Sekolah ini digelar sebagai “Permata Ketiga dalam Masjid al-Aqsa” selepas Kubah as-Sakhrah dan Masjid al-Qibli disebabkan kecantikannya yang memukau.
Al-Madrasah al-Tankaziyyah
Dibina di sebelah barat Masjid al-Aqsa. Sebahagian sekolah ini terletak di luar kawasan al-Aqsa dan sebahagian yang lain di ruwaq (lorong) barat al-Aqsa. Raja Tankaz an-Nashiri telah membinanya pada tahun 729 H bersamaan 1328 M, lalu dinamakan sekolah ini bersempena dengan nama beliau.
Pernah digunakan sebagai tempat pengajian hadis, pusat hadis serta pejabat kehakiman pada zaman Sultan al-Mamluki Qaitabai. Manakala pada zaman Uthmaniyyah, dijadikannya sebagai mahkamah. Kemudian, pada zaman penjajahan Inggeris (1918M-1948M), ia telah digunakan sebagai Pusat Persidangan Islam dan pusat ilmu al-Aqsa. Pada tahun 1969 M, Israel telah merampasnya dan menjadikannya sebagai tempat kawalan sempadan bagi mengawasi Masjid al-Aqsa dan para jemaah. Selain itu, Zionis juga telah menggali lubang di bawahnya untuk dijadikan terowong yang menghubungkan dengan Tembok Buraq.
Al-Madrasah al-Jawliyyah (al-Umareyah)
Sekolah ini terletak di barat laut Masjid al-Aqsa al-Mubarak dan telah diwakafkan dalam tempoh antara 612 H hingga 720 H dan orang yang mewaqafnya adalah al-Amir Alimuddin Sinjar bin Abdullah al-Jauli iaitu Naib Pengerusi al-Quds dan Nazir bagi dua kota suci (Haramain as-Syarifain) pada zaman pemerintahan Raja Nasir Muhammad bin Qalawun. Sesi pembelajaran di sekolah ini berjalan seperti biasa sehinggalah kerajaan Uthmaniyyah menukarnya sebagai dewan Parlimen pada kurun ke-9 H. Kemudian, dijadikannya pula sebagai rumah kediaman bagi ahli Parlimen al-Quds dan selepas itu, diubah menjadi rumah untuk kerajaan. Terdiri daripada dua buah tingkat yang menghala ke sebuah lapangan terbuka dan di dalamnya terdapat banyak bilik. Kini, sebahagian daripada bangunan ini telah dijadikan sebagai Sekolah Umareyah.
Al-Madrasah al-Khatuniyyah
Sekolah ini terletak di ruwaq (lorong) barat Masjid al-Aqsa. Dibina pada sekitar kurun ke- 7 H bersamaan 13 M dan telah diwakafkan oleh Permaisuri Aghul Khatun al-Baghdadiyah. Sekolah ini memberi fokus kepada pengajaran Fiqh dan al-Quran. Tingkap di bahagian timur sekolah ini menghadap ke arah halaman Masjid al-Aqsa. Di dalamnya, terdapat makam orang yang mewakafkannya iaitu Aghul Khatun. Manakala di sebelahnya pula terdapat makam para pembesar seperti; Muhammad Ali al-Hindiy, seorang ahli politik India yang telah bergelut demi memperjuangkan Palestin; Musa Kazhim al-Husainiy, Ketua Jawatankuasa Eksekutif Arab bagi Persidangan Palestin Ketiga dan Gabenor al-Quds pada zaman Uthmaniyyah; Pahlawan al-Qastal, Abdul Qadir Husainiy dan anaknya, Faisal Husseini, seorang perwakilan Palestin di al-Quds (Orient House); Sharif Abdul Hamid bin Aun; dan Abdul Hamid Shoman, pengasas Bank Arab.
Al-Madrasah al-Arghuniyyah
Sekolah ini telah dibina pada tahun 758 H bersamaan 1356 M oleh al-Amir Argun al-Kamili yang telah meninggal dunia sebelum selesai pembinaannya. Kemudian, kerja-kerja tersebut telah disambung oleh Ruknuddin Bebres. Sekolah ini terletak di antara Pintu Gerbang al-Qathanin dan Pintu Gerbang al-Hadid di bahagian barat Masjid al-Aqsa. Bangunan ini terdiri daripada dua tingkat yang boleh dimasuki melalui tempat masuknya yang dibina di tempat yang tinggi. Ia dihiasi dengan batu-batuan putih dan merah. Tempat masuk itu terletak di bahagian selatan laluan Pintu Gerbang al-Hadid. Di samping itu, terdapat juga ukiran batu di atas pintu masuk ini yang menunjukkan nama orang yang membinanya dan tarikh binaannya. Di atasnya pula, dibina dengan batu-bata yang saling bersilang satu sama lain. Kini, sekolah ini digunakan sebagai tempat kediaman tetapi telah dipindahkan disebabkan berlakunya retakan di bahagian dinding yang berpunca daripada penggalian lubang bawah tanah yang dilakukan oleh pihak penjajah Israel.
Al-Madrasah al-Khatniyyah
Sekolah ini telah dibina semasa pemerintahan Salahuddin al-Ayyubi pada sekitar tahun 587 H bersamaan 1191 M. Dinamakan dengan al-Khantiyah adalah diambil daripada nama Syeikh al-Khatniy yang telah mengajar subjek-subjek agama di sekolah ini. Terletak bersebelahan pagar Masjid al-Qibli iaitu di bahagian selatan dan di belakang Mimbar Salahuddin al-Ayyubi. Semasa pengubahsuaian dijalankan, terdapat beberapa perubahan dan tambahan beberapa buah bilik dan bilik air sehingga tidak ada ciri-ciri binaan asal yang masih kekal kecuali beberapa lengkungan dan tingkap. Proses pengubahsuaiannya telah selesai pada 1998 M. Kini, ia dijadikan sebagai perpustakaan dan sekolah tahfiz al-Quran.
