Majlis Islam Tertinggi merupakan pengasas kepada muzium Islam pada tahun 1341 H bersamaan 1923 M. Pada awalnya, ia merupakan sebuah muzium yang terletak di Ribath al-Mansuri iaitu berhampiran dengan Pintu Gerbang an-Nazir. Kemudian, dipindahkan ke kawasan barat daya Masjid al-Aqsa al-Mubarak iaitu berdekatan dengan Pintu Gerbang al-Magharibah dan tempat ini berkekalan sehingga kini.
Muzium ini terdiri daripada dua buah dewan yang salah satunya terletak di sebelah barat. Dikenali suatu ketika dahulu dengan nama Masjid al-Magharibah. Manakala satu lagi terletak di bahagian selatan yang merupakan sebahagian daripada Masjid an-Nisa’. Di dalam muzium ini, terdapat pameran-pameran yang luar biasa serta koleksi-koleksi berharga sejarah Islam di mana menceritakan tentang sejarah Masjid al-Aqsa sejak zaman pembukaannya sehingga kini. Selain itu, terdapat juga ukiran-ukiran al-Quran al-Karim yang paling unik pada kurun ke-2 H bersamaan 8 M serta salinan al-Quran al-Karim yang ditulis oleh Sultan al-Mamluki Barsbay dengan khat Arab yang cantik pada tahun 825-840 H bersamaan 1422-1437 M. Ia telah dianggap sebagai salinan al-Quran yang paling besar yang wujud di Palestin dengan ukuran 170cm x 110cm.
