Masjid Al Aqsa memiliki 15 gerbang yang terbagi pada empat sisi dindingnya. Lima diantaranya telah ditutup dengan batu, yaitu gerbang-gerbang yang terletak di sisi timur dan selatan.
Gerbang-gerbang tersebut adalah: gerbang Ar Rahmah dan gerbang Al Jana’iz (keduanya terletak di sisi timur); gerbang Al Munfarid, gerbang Al Muzdawij, dan gerbang Ats Tsulasi (ketiganya terletak di sisi selatan).
Alasan gerbang-gerbang tersebut ditutup adalah untuk menjaga kota dari serangan musuh, khususnya pada masa setelah pembebasan Masjid Al Aqsa dari pasukan salib (tahun 583 H / 1187 M).